Hoewel de Ender-3 V3 SE veel goeds biedt, zijn er ook duidelijke beperkingen en aandachtspunten. Een van de meest tastbare beperkingen is het bouwvolume van 220 × 220 × 250 mm. Voor veel hobbyprojecten is dit prima, maar gebruikers die grotere prototypes of meerdere onderdelen in één keer willen produceren, zullen tegen die grens aanlopen en mogelijk naar grotere machines moeten kijken.
Daarnaast is de maximale nozzletemperatuur aangegeven als onder 260 °C, wat voldoende is voor PLA, PETG en de meeste TPU-varianten, maar niet voor sommige technische filamenten zoals nylon, polycarbonaat of gespecialiseerde hoog-temperatuurharsen. Als je met die materialen wilt werken, is deze printer minder geschikt zonder hardware-upgrades aan hotend en thermistors.
De printer is een open-frame ontwerp zonder ingebouwde behuizing. Dat betekent dat temperatuurgevoelige prints en materialen die baat hebben bij een gecontroleerde omgeving (zoals ABS) moeilijker te printen zijn zonder een externe enclosure. Ook ontbreekt draadloze connectiviteit: bestandsoverdracht gaat via SD-kaart (geen geïntegreerde Wi-Fi of ethernet), wat minder comfortabel is voor workflows waarbij remote beheer of monitoring gewenst is.
Praktisch gezien kunnen zaken als de eerste montage, firmware-updates of het optimaliseren van snelheidsinstellingen enige kennis vereisen; hoewel de machine veel geld bespaart op beginnersvriendelijke functies, zullen gevorderde gebruikers toch vaak kleine upgrades of tweaks toepassen om het maximale uit de printer te halen.