Hoewel de Aquila S3 veel goede eigenschappen heeft, zijn er ook duidelijke beperkingen. Ten eerste is de machine niet volledig gesloten, wat problemen kan geven bij hoogtemperatuur materialen zoals ABS of bepaalde technische filamenten; zonder een afgesloten bouwkamer neemt het risico op kromtrekken toe en kan geur en vervuiling in de ruimte hinderlijk zijn. Voor serieuze ABS-werkzaamheden is een extra behuizing of upgrade praktisch noodzakelijk.
Daarnaast bleek uit tests dat de default slicer-profielen niet in alle gevallen optimaal zijn; voor de beste resultaten moet je tijd investeren in het tunen van retraction, temperatuur en printsnelheid. Gebruikers die direct perfecte prints verwachten zonder slicing-kennis zullen soms teleurgesteld zijn. Ook kan de afwerking van kleinere componenten, zoals kabelmanagement en sommige bevestigingen, huis-tuin-en-keuken aanvoelen — functioneel, maar minder verfijnd dan bij duurdere modellen.
Tenslotte is het geluidsniveau tijdens lange prints niet uitzonderlijk laag; in een werkruimte of hobbykamer kan dit storend zijn. Sommige mechanische componenten vragen ook periodiek handmatig onderhoud (riemspanning, smeren), iets dat minder ervaren gebruikers kan vergeten en wat zich vertaalt in variaties in printkwaliteit als dat onderhoud wordt verwaarloosd.