Ondanks de vele sterke kanten kent de Creality Ender 3 V3 SE ook enkele beperkingen en aandachtspunten. Allereerst is het bouwvolume met 220 x 220 x 250 mm voor sommige gebruikers wellicht aan de kleine kant. Grote of complexe prints zijn dus beperkt, wat een nadeel kan zijn als je regelmatig omvangrijke projecten wilt maken.
Verder, hoewel de automatisering rondom nivellering en filamentladen sterk verbeterd is, zijn er soms nog kleine handmatige aanpassingen nodig bij het afronden van de eerste laag. De sensoren zijn gevoelig, waardoor kalibratie bij een sterk ongelijk oppervlak soms niet altijd perfect verloopt.
Wat de constructie betreft, is de algemene robuustheid prima, maar er zijn onderdelen zoals de riemspanner die simpel zijn uitgevoerd en na verloop van tijd wat onderhoud of vervanging kunnen vereisen. Dit betekent dat gebruikers enige technische kennis moeten behouden om het apparaat optimaal te laten functioneren, vooral bij intensief gebruik.
Ook het formaat en gewicht van 7,1 kg maken de printer weliswaar draagbaar, maar niet extreem licht. Dit kan het verplaatsen bemoeilijken wanneer je vaak van plaats wisselt of transport nodig hebt.
Tenslotte is de printer relatief stil, maar tijdens hoge printresoluties en maximale snelheid hoor je wel duidelijk het motorgeluid, wat in stille werkomgevingen storend kan zijn. Hoewel dit geen ernstige tekortkoming is, is het iets om rekening mee te houden.