Ondanks de vele voordelen kent de Gembird Gemma ook een aantal beperkingen die belangrijk zijn om in overweging te nemen. Allereerst is het printvolume met 100 x 120 x 100 mm vrij klein, waardoor je beperkt bent tot relatief kleine projecten. Voor gebruikers die grotere of complexere objecten willen printen is deze printer niet geschikt. Dit verkleint ook de toepasbaarheid in professionele of meer gevorderde hobbyprojecten.
Een ander aandachtspunt is de beperkte materiaalmogelijkheid. De Gemma ondersteunt alleen PLA en PLA+ filamenten, wat betekent dat andere, mogelijk technischere materialen zoals ABS, PETG of flexibele filamenten niet bruikbaar zijn. Dit beperkt de veelzijdigheid en experimenteerruimte aanzienlijk. Dit is overigens een bewuste keuze gezien het instapmodel en educatieve doel, maar kan voor sommige gebruikers een minpunt zijn.
Verder kunnen ervaren gebruikers het ontbreken van geavanceerde functies zoals een verwarmd bed, dubbele extruder of snellere printsnelheden als beperkend ervaren. De maximale extrudertemperatuur is 250 °C, wat ook de keuze aan filamenten beperkt. Daarnaast is de bouwkwaliteit en het frame iets eenvoudiger uitgevoerd, waardoor de printer iets minder stabiel kan zijn bij intensief gebruik. Dit kan invloed hebben op de printkwaliteit bij langdurige of precieze opdrachten.
Daarnaast zou de gebruiksvriendelijkheid nog verder verbeterd kunnen worden met een touchscreen in plaats van een LED-display, om snelle instellingen en interactie makkelijker te maken. De software is wel compatibel met Cura, maar er wordt geen geavanceerde eigen software geleverd die naadloos aansluit op de hardware, wat sommige beginners lastig kunnen vinden.