Hoewel de LaserPecker houtset veel positieve punten heeft, zijn er ook duidelijke beperkingen. Omdat het om natuurlijke houtmaterialen gaat, is er variatie in nerf, kleur en dichtheid tussen de verschillende platen. Dit kan bij batchwerk leiden tot kleine verschillen in gravuurcontrast en benodigde laserinstellingen: wat op het ene plankje perfect zwart en scherp wordt, kan op een andere iets lichter of dieper uitvallen. Voor zeer consistente productielijnen is dat een aandachtspunt.
Een tweede nadeel is de aanwezigheid van zachtere balsadelen in de set. Balsa is uitstekend voor fijne details, maar het is ook kwetsbaarder voor beschadigingen, breuk en vervorming bij ruwe behandeling of tijdens het lijmen en monteren. Bij het snijden en graveren kunnen zachtere plekken ook sneller verbranden of rafelen, afhankelijk van de laserinstelling en de ventilatie. Dit vraagt om meer tests en nauwkeurige afstelling voordat je aan een grotere serie begint.
Verder is er kans op roet- en warmteranden (verkoling) langs snij- en gravuurlijnen, vooral bij hogere vermogens of langzamere snelheden. Nabewerking zoals licht schuren, aflakken of stomen kan nodig zijn om een uniform uiterlijk te bereiken. Ten slotte is de set officieel geoptimaliseerd voor LaserPecker-apparaten; gebruikers van andere lasers kunnen extra tijd kwijt zijn met instellingen, en sommige platen kunnen verschillen in resultaat bij afwijkende lasertypes of -vermogens.